Genom myši je on-line

Obrovská volně přístupná databáze Na internetu byla zpřístupněna další obrovská vědecká databáze: Právě přeč...


Obrovská volně přístupná databáze
Na internetu byla zpřístupněna další obrovská vědecká databáze: Právě přečtený
genom myši. Sekvence nukleové kyseliny i odpovídajících proteinů najdete na
adrese http://www.ensembl.org/Mus_musculus/.
S databází je možné pracovat celou řadou způsobů, exportovat celek nebo jeho
části, hledat jednotlivé geny, prohlížet mapy myších chromozomů, srovnávat
zastoupení jednotlivých nukleotidů na určitých částech chromozomů apod.
Aplikace přitom dobře ukazuje možnosti, které současná výpočetní technika v
oblasti genomiky umožňuje se sekvencemi DNA můžeme pracovat na stejné úrovni
komfortu, jako kdybychom analyzovali text či zdrojový kód programu. Přehled
softwarových firem, jejichž produkty byly při čtení genomu i tvorbě vlastní
aplikace použity, je k dispozici např. na http://www.sanger.ac.uk/software/.
Veřejně dostupná verze genomu myši je dílem projektu "Mouse Genome Sequencing
Consortium", což je organizace úzce svázaná se sdružením, které stálo za
vyluštěním genomu lidského. Významnou úlohu hrál v rámci týmu opět Eric Lander,
který vede centrum pro genetické výzkumy na MITu. Genom myši přitom již dříve
přečetla firma Celera, výsledky však nebyly dány volně k dispozici.
Ve vědeckých časopisech Nature a Science nyní probíhá diskuse o tom, zda a za
jakých podmínek by genové mapy měly být veřejně přístupné. Z hlediska vědců i
dalších zájemců přitom ale nejde pouze o data jako taková, ale především své
know-how, které umožňuje s databází inteligentně pracovat. Pro srovnání:
porovnejte si možnosti a komfort, které máte v případě myšího genomu, se
serverem, který nabízí sekvence nedávno rovněž přečteného genomu rýže (čínský
server na http://210.83.138.53/rice/).
A k čemu je vlastně přečtení genomu myši dobré? Porovnání s genomem člověka
bude mít velký význam pro kontrolu správnosti přečtení genomu lidského.
Srovnání sekvencí zajímá bioinformatiky, farmaceutické firmy i evoluční
biology. První výsledky ukazují, že ačkoliv oddělení evolučních větví obou
živočichů nastalo před přibližně 100 miliony let, genom člověka a myši je ve
skutečnosti velmi podobný. Oba organismy mají i obdobný počet genů (cca 30 000).
Mutace na stejných místech genomu mohou být příčinou analogických chorob.
Využití tohoto jevu ve farmacii je nasnadě: Vezmete zmutovaný gen, který je u
člověka zodpovědný za vznik určité choroby, a vsadíte jej do genomu myši
(eventuálně vyhledáte myš se stejnou mutací). Nyní je možné zkoušet potenciální
léky také na myši. Uvedený postup byl již použit při hledání léků na
schizofrenii.

text ON-LINE
Kompletní verzi tohoto článku najdete na portálu Science World s datem 16. 5.
2002.









Komentáře
K tomuto článku není připojena žádná diskuze, nebo byla zakázána.