Genom rýže je zdarma

Úspěch čínských vědcůČínská akademie věd oznámila, že se vědcům v Pekingu podařilo přečíst genom jednoho dr...


Úspěch čínských vědcůČínská akademie věd oznámila, že se vědcům v Pekingu
podařilo přečíst genom jednoho druhu rýže. Číňanům už oficiálně poblahopřál
Francis Collins, který stojí v čele projektu výzkumu genomu lidského v tomto
programu se ostatně čínská výzkumná centra rovněž výrazně angažovala.
Přečtením genomu rýže se z IT firem může pochlubit především společnost Sun.
Výzkum totiž probíhal na serverech Sun Enterprise 10000, které spolupracovaly s
čínským superpočítačem Dawning 3000 (v době svého spuštění fungoval Dawning s
operačním systémem AIX). Čínští vědci přitom uvedli, že počítače pro ně nejsou
pouze prostředkem, ale jejich možnosti a výběr platformy přímo určují i
optimální cestu, kterou se výzkum má ubírat.
Čínský superpočítačový program akceleruje minimálně od roku 1999, kdy druhý
model v řadě Dawning (1000 Plus) dosáhl výkonu 1,5 miliardy operací v plovoucí
řádové čárce za sekundu (neboli 1,5 Gflops).
Dawning 3000, který byl dokončen přibližně před rokem, nyní disponuje výkonem
až 400 Gflops. Vědci jej využívali také pro předpovědi počasí a zemětřesení.
Superpočítač váží 5 tun a jeho konstrukce je dílem místní společnosti Shuguan.
Při čtení genomu rýže byly údajně použity také nové algoritmy, jež umožňují
rychle nalézat geny v rámci celé DNA a odlišit je od zbytku řetězce. Zatím však
není známo, jak velkou část rýžové DNA geny vlastně představují a kolik připadá
na "junk", tedy části nekódující proteiny.
Podrobnosti o projektu můžete získat na adrese http://210.83.138.53/rice/.
Sekvenci rýžové DNA si na této stránce také můžete stáhnout (celý soubor má
však okolo 100 MB délka rýžové DNA má oproti té lidské přibližně sedminovou
velikost). Eric Lander, který koordinoval projekt přečtení lidského genomu,
vyzdvihl v této souvislosti, že čínští vědci data dali k dispozici k volnému
použití. Existují rozdílné názory na to, zda na znalost určité sekvence genů
uplatňovat něco na způsob copyrightu. Jde přitom o obdobu debat týkajících se
licencování softwaru. Data získaná v rámci akademických výzkumných projektů
bývají obvykle k dispozici zdarma. Obchod s genetickými daty na komerční bázi
je naopak základním modelem fungování některých společností, např. firmy Celera
Genomics. Celera však neprodává pouze data jako taková, ale nabízí i softwarové
nástroje pro analýzu dlouhých řetězců nukleotidů a proteinů, vlastně prodává
přístup ke specializovaným databázovým aplikacím. Jednoduché aplikace přitom
nabízí i čínská webová stránka v řetězci rýžové DNA je např. možné vyhledávat
jednotlivé sekvence.
Firma Celera již mj. přečetla prakticky celý genom myši a příslušné informace
zpřístupnila v první fázi pouze svým obchodním partnerům. Bylo však oznámeno,
že genom člověka a myši je k překvapení většiny vědců téměř stejný. Snaha
získat kompletní sekvence DNA jednotlivých organismů probíhá intenzivně od roku
1996, kdy se prvním takto přečteným organismem stala kvasinka.
Přečíst sekvence nukleotidů v DNA samozřejmě samo o sobě nestačí: neméně
důležitá je následující fáze, která předpokládá porozumění jejich smyslu.









Komentáře
K tomuto článku není připojena žádná diskuze, nebo byla zakázána.