Nová verze přináší množství zajímavých funkcí, díky nimž se Microsoft Security Essentials nyní tváří jako kompletní bezpečnostní balík. Microsoft Security Essentials 2.0 přinášejí heuristickou analýzu, kontrolu provozu na síti a vylepšenou integraci s dalšími aplikacemi ve Windows. Díky heuristické analýze již MSE 2.0 není závislý pouze na databázi již známých virů, ale dokáže rozeznávat i nové škodlivé kódy.
Funkce kontroly provozu na síti hlídá systém uživatele před útoky ze sítě. Tato funkce však bohužel není přístupná pro uživatele Windows XP, neboť vyžaduje Windows Filtering Platform, která je dostupná pouze ve Windows Vista a 7. Jak již bylo zmíněno výše, MSE 2.0 nabízejí rovněž vylepšenou kompatibilitu s ostatními aplikacemi ve Windows. Nové Security Essentials například lépe chrání uživatele Internet Exploreru a antivirový program dále uživatele upozorňuje na to, že by si měli ve Windows zapnout firewall, který mohou navíc konfigurovat přímo z antiviru.