Známá FPS řada vytahuje z rukávu další hodně netradiční dobrodružství agenta B. J. Blazkowicze, jemuž naopak zcela tradiční kulisu dělá druhá světová válka okořeněná paranormálními prvky.
Hluboko za frontovými liniemi se tajná nacistická frakce Thule Society snaží o nalezení ultimátní zbraně, jež by s konečně rozhodla probíhající válečný konflikt. Po několika letech výzkumu přicházejí ke zdroji mocné energie, nazvané Black Sun. To je pádný důvod pro to, aby celou situaci promptně vyřešil agent Blazkowicz, který má s podobnými případy bohaté zkušenosti. Příběh nás zavede do fiktivního německého městečka Isenstadt, ve kterém však ústřední protagonista získá vítanou pomoc od skutečné (tedy v čase války existující) organizace Kreisau Circle. Ohlédnutím do historie zjistíme, že šlo o skupinu německých aristokratů, kteří plánovali budoucnost země po pádu Třetí říše. Pro potřeby hry se však jedná jen o skupinu vojáků, kteří mají bojovat po vašem boku. Blazkowicz však nemá možnost je jakkoliv usměrňovat, o jejich aktivity se bude starat pouze počítačem řízená AI.
Zajímavostí budiž skutečnost, že Isenstadt bude zcela otevřená destinace s řadou základen patřících Kreisau Circle, kde vždy získáte potřebné informace, munici a úkoly pro splnění. Otevřenost herního prostředí umožní řadu situací řešit různými způsoby, různými postupy a cestami. V jednom případě tak lze vyšplhat na střechu a překvapit kulometné hnízdo Němců z boku, zatímco členové Kreisau Circle bojují dole v ulicích. A nebo půjdete bok po boku Kreisau Circle a využijete při tomto nebezpečném postupu zdí a barikád z pytlů s pískem pro efektivní krytí. K Black Sun se však úzce váže alternativní dimenze, ze které je tato energie čerpána. Snaha Němců vytěžit z Black Sun co nejvíce může vést k prolomení „přirozené“ bariéry mezi oběma dimenzemi, důsledkem čehož by bylo zničení té naší. Blazkowicz naštěstí záhy získá možnost do paralelní dimenze vstupovat. Během Blazkowiczova pobytu v ní se mu vylepší schopnosti a dispozice. Rychleji se pohybuje, vidí německé vojáky zřetelněji a dokonce vidí i alternativní cesty, které v našem světě neexistují. Stejně jako dříve se ve hře dočkáte spousty skrytých bonusů pro nalezení rozličných artefaktů, které lze následně směnit za kýžené upgrady zbraní, kam patří kupř. navýšení počtu nábojů v zásobníku či vyšší průraznost munice.