BitCoin Wiki uvádí: „Neexistuje žádná záruka, že služba eWallet jednoho dne nevezme všechny vaše BitCoiny a jednoduše nezmizí.“ Také varuje, že používání této měny je „pouze na vlastní nebezpečí.“

Stejně jako obvyklé měny, ani BitCoinů se zloději neštítí. V roce 2011 nahlásil jistý uživatel krádež 25 000 BitCoinů (to je ekvivalent přibližně sedmi milionů korun). I když není žádný způsob, jak tuto ztrátu potvrdit, není to jediný případ, kdy ke krádeži došlo.

V červnu roku 2011 nahlásila směnárna Mt. Gox ztrátu 60 000 uživatelských jmen, zahashovaných hesel a e-mailů. Několik dní poté přišlo o své BitCoiny 600 uživatelů, kteří používali pro obě služby stejné přihlašovací údaje. V březnu 2012 vedlo narušení bezpečnosti jisté hostingové společnosti ke ztrátě 50 000 BitCoinů, což je prozatím největší krádež v historii této měny.

Pro mnoho lidí, kteří s BitCoiny začínají, je nebezpečí, že si nevšimnou standardně nezašifrované peněženky. Prvním krokem každého nového uživatele by mělo být zašifrování svých dat.

BitCoin je v mnoha zemích přímo nelegální a v těch ostatních se pohybuje v šedé zóně. Například nadace Electronic Frontier Foundation, která byla mezi prvními uživateli této měny, přestala BitCoiny přijímat v červnu 2011. Nadace jako hlavní důvod uvedla „komplexní právní problémy spojené s tímto měnovým systémem.“ Nadace své rozhodnutí změnila před několika týdny – po dvou letech pečlivého průzkumu a poté, co americké ministerstvo financí oznámilo, že měna pravděpodobně nebude předmětem regulací.

Transakce jsou sice anonymní, ale to neznamená, že proběhlé platby nemohou být vystopovány až ke zdroji. Například stránka Block Chain v reálném čase zaznamenává a zobrazuje veškeré transakce. Tato data jsou dostupná každému.

Adi Shamir a Ron Dorif minulý rok tato dostupná data použili k tomu, aby se pokusili nalézt Satoshi Nakamotu, tvůrce BitCoinu, který i po pěti letech zůstává v anonymitě. Podařilo se jim vysledovat aktivitu až k řadě rozsáhlých transakcí, které proběhly v listopadu 2010. BitCoiny z těchto transakcí byly uloženy na několika účtech, ze kterých už nikdy žádný převod neproběhl.

Podle zakladatele BitCoin ATM, Zacha Harveyho, účty pravděpodobně patří zakladateli BitCoinu. Nejsou využívány, protože jakákoliv další transakce by mohla znamenat ztrátu anonymity.

Nebezpečím pro budoucnost měny jsou lidé, kteří měnu syslí místo toho, aby ji poslali do oběhu. Podle průzkumu, který provedli Shamir s Dorifem je až 78% všech BitCoinů nevyužívaných. Pokud uživatelé, kteří měnu šetří, začnou najednou směňovat BitCoiny za dolary, jejich cena by mohla prudce klesnou.

Výhodou a zároveň nebezpečím BitCoinů je jejich nezávislost na vládě. BitCoiny stojí pouze na víře, že nějakou hodnotu mají. „Papírové měny jsou hodnotné, protože jsou založeny na síle státu, která je definuje jako legální platidlo a přijímá je jako platbu daní,“ napsal ekonom Paul Krugman. „BitCoin je založen na víře, že budou lidé platby touto měnou přijímat.“

„Už jsem to jednou říkal a řeknu to znovu. BitCoin je experiment. Chovejte se k němu tak, jak byste se chovali ke slibnému Internetovému start-upu. Možná změní svět, ale uvědomte si, že investice peněz či času do nového nápadu je vždy riskantní,“ napsal na svém osobním blogu Gavin Andresen, hlavní vývojář Projektu BitCoin.