Pro mnoho z nás je procházení se přeplněnou metropolí noční můra. Troubící auta, prodírající se lidé a obrovské budovy mohou člověku přivodit pocit bezmoci a stísnění. Virtuální Manhattan v Prototype není vůbec jiný – kromě vojáků, nakažených mutantů a jiných hrozeb – ale Alex Mercer je všechno, jen ne obyčejný chodec.