Byla inkvizice od počátku projevem náboženského fanatismu? Nebo alespoň zpočátku dobrým úmyslem vedeným snahou chránit nauku, církev a feudální společenské zřízení před rozvrácením? Nestala se nakonec cestou k upevnění politické moci, pomstě, obohacení a likvidaci nepohodlných?
Metody odhalování, stíhání a trestání heretiků a jejich sympatizantů v průběhu staletí a v různých částech Evropy nabývaly různých podob, od trestu pokání a modliteb přes exkomunikaci až po mučení a popravy známé z literární tvorby. Seriál Inkvizice zkoumá historickou skutečnost. Hledá fakta v rozhovorech s historiky a ilustruje je dramatickými rekonstrukcemi skutečných procesů s kacíři.
Zaměřuje se přitom na mrazivé skutky, kterých se inkvizitoři a zvláštní soudy ustanovené papežem dokázali ve jménu církevní nauky dopouštět. Diváci uvidí setnuté hlavy údajných čarodějnic a nevinné věřící upálené na hranicích, seznámí se s průběhy výslechů podezřelých a poznají, jaké nástroje útrpného práva se k vynucenému doznání viny používaly. Zjistí také, že před takzvanýma „očima a ušima“ inkvizice si nemohl být nikdo jistý – poddaný, šlechtic ani církevní hodnostář.
Jednotlivé díly seriálu se věnují vybraným kapitolám dějin středověké inkvizice, od jejích počátků, kdy se zaměřovala na stíhání tzv. valdenských hnutí, přes snahu o vyhlazení řádu templářských rytířů až po mučení a popravy čarodějnic, mystiků a léčitelů.